牛のふん尿からたい肥をつくるプロセスで発生するにおいに対して、周辺の住民などから苦情が寄せられる場合があります。この臭気はアンモニアやイオウ化合物ですが、主に燃焼法、吸着法、微生物利用法などにより脱臭処理することができます。
　燃焼法は、高温にしてにおいの成分を酸化分解させる方法です。吸着法は、オガクズなどに臭いの成分を吸着させる方法です。 乳牛ふんをオガクズと混ぜ、通気型たい肥で発酵させ、約1週間ごとに数回切り返しを行うと、たい肥に生息している硫化細菌によって アンモニアは硫酸イオンに酸化され、脱臭されます。これは窒素が付加されたたい肥として高く販売することができます。
　微生物利用法は、土壌などに臭いを通して、土壌中の微生物に分解させるという方法、土壌脱臭法ともいいます。これに特殊な微生物を接種して、脱臭機能を高めることも一部で実施されています。